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由美国疾病控制与预防中心（CDC）高级分子检测办公室（OAMD）牵头的一项倡议，旨在将私营和学术实验室的 SARS-CoV-2 测序工作纳入公共领域。他们希望这将有助于协调全国范围内的努力，以更好地了解该病毒的基因组及其所有当前和潜在的未来突变。
该倡议被称为“SARS-CoV-2 测序用于公共卫生紧急响应、流行病学和监测（SPHERES）”，汇集了约 50 个实验室，这些实验室占美国近 4000 个基因组提交给GISAID 的绝大部分。GISAID 是一个病毒数据国际存储库，提供对基因组的开放访问，同时保留测序仪的知识产权。OAMD 的首席科学官 Duncan MacCannell 表示，他们希望未来向 GISAID 和其他各种开放数据存储库提交更多测序的病毒全基因组，包括该新型病毒的各种毒株。
“通过提交给多个存储库，我们确保数据尽可能广泛可用，”他说。OAMD 的职责是帮助从地方管辖区到 CDC 的更大分支机构在其工作中利用尖端的测序技术，他们希望协调一个统一的美国响应。
“我们通过联系许多公共卫生实验室……并讨论他们的需求来启动该联盟，”他说。然而，在他们开始联系时，OAMD 意识到许多学术界和私营部门的实验室希望为公众了解 SARS-CoV-2 病毒的斗争贡献测序基因组数据。他说，与其让所有这些实验室各自为政，不如将它们纳入协调一致的努力是有意义的。
短期内，拥有更多测序的 SARS-CoV-2 样本将有助于流行病学家和公共卫生领域的其他人员更好地了解不同 SARS-CoV-2 毒株的特征，并追踪其传播。MacCannell 说，由于 SARS-CoV-2 与许多其他病毒相比突变速度较慢，因此可能难以追踪其传播。更多的数据将有所帮助。
这一切之所以成为可能，是因为过去几十年来基因测序取得了巨大进步。过去，进行全基因组测序（这是流行病学家用于最可靠的数据）是极其耗时和昂贵的。如今，得益于多年来循序渐进的改进和一些重大突破，这变得更快、更简单。这对流行病学家以及试图弄清楚如何有效治疗 COVID-19（由 SARS-CoV-2 引起的疾病）的人来说是个好消息。
从长远来看，了解不同 SARS-CoV-2 毒株如何在全国范围内传播，可能有助于研究人员弄清楚哪些旨在减缓感染传播的策略最有效。
这也有助于我们为病毒的未来传播做好计划。他说：“我认为，了解病毒可能发生的自然变异并能够实际监测其出现的重大趋势，也将是极其重要的。”
这种工作是针对许多其他致病微生物完成的，但 COVID-19 大流行的规模之大，需要更大的响应。SARS-CoV-2 SPHERES 正在与各国实验室协调工作，并希望最终能够让国际公共卫生基因组学界更清晰地了解这个制造混乱的病毒。
