自疫情爆发以来，科学家们一直在寻找 SARS-CoV-2（引起 COVID-19 的病毒）的起源。早期报道称，这种新型病毒起源于蝙蝠，然后传播到一种中间哺乳动物（可能是穿山甲），最后传播到人类。尽管研究人员尚未确定病毒传播给我们的确切轨迹，但他们推测它很可能起源于蝙蝠，并且*不需要*通过中间物种传播给我们。现在，昨天发表在《自然·微生物学》上的一项研究表明，导致新型冠状病毒 SARS-CoV-2 的病毒谱系可能“在蝙蝠中不为人知地传播了几十年”。如果属实，这项研究暗示了加强对人畜共患病可能传播的人兽交界面进行监测的严峻需求。
“这项分析的目的是看看 SARS-CoV-2 冠状病毒是否在其他地方存在任何同源或近缘病毒，”该研究作者、宾夕法尼亚州立大学生物学教授 Maciej F. Boni 说。如果存在近亲，Boni 和其他研究人员可以将其基因组与 SARS-CoV-2 进行比较，以更好地了解 SARS-CoV-2 存在的时长。
Boni 和他的同事将 SARS-CoV-2 与 2013 年从菊头蝠采样的一种病毒进行了比较，这种病毒属于同一个亚属，称为 sarbecoviruses。通过使用几种基因测序技术，他们估计另一种病毒 RaTG13 和 SARS-CoV-2 大约在 40 到 70 年前从共同祖先分化而来。他们还分析了几种在穿山甲中发现的 sarbecoviruses，他们认为这些病毒也起源于蝙蝠。这些病毒似乎也存在关联。
如果蝙蝠或穿山甲等动物种群中存在更多病毒，它们也可能传播给人类。Boni 说，根据这项分析，“很有可能还有其他谱系在蝙蝠中悄悄传播。”“而且这些谱系很有可能具有感染人类细胞的能力。”
他表示，弄清楚这一切并非易事。由于冠状病毒具有高度重组性，这意味着它们在相对较短的时间内会从许多不同的来源获取遗传物质，因此研究人员必须付出额外的努力来弄清楚其遗传特征的来源。Boni 和他的同事必须了解病毒基因组的哪些部分与祖先蝙蝠病毒有关，然后将它们与其他的遗传物质隔离开来进行研究。
通常情况下，科学家进行此类分析时，可能会有数百个样本追溯到过去，从而清楚地展示病毒的进化过程。但 Boni 的团队只有 68 个 sarbecovirus 序列。
不列颠哥伦比亚大学的博士生 Shing Zhan 表示，这意味着这项研究的结果无法讲述病毒进化传播的完整故事。如果未来发现更多样本，故事可能会发生巨大变化。但他说，“这将为我们提供关于该病毒从何种人兽交界面传播的线索，”并且这是迄今为止最全面的分析。
研究人员写道，这项研究还表明了寻找和追踪可能在新发野生动物中出现并导致大流行的病毒所面临的挑战。“这凸显了建立一个全球性的实时人类疾病监测系统网络的必要性……该系统应具备快速部署基因组学工具和功能研究以进行病原体鉴定和特征描述的能力。”
此外，该论文表明，可能没有中间宿主介导蝙蝠和人类之间的传播，正如之前的研究所暗示的。麻省理工学院布罗德研究所的博士后研究员 Alina Chan 说：“自这场大流行病开始以来，中国一直在寻找中间宿主。”她表示，穿山甲被提及的次数最多，虽然 SARS-CoV-2 可以感染穿山甲和人类，但它也可以直接从蝙蝠感染人类，这意味着穿山甲并非传播该疾病的必要环节，尽管它仍然有可能成为传播给人类的媒介。
Chan 说，中间宿主的概念已经被广泛讨论。但事实上，从未识别出一个中间宿主，“这引发了很多疑问。”她说，“我认为这篇文章触及了部分答案。”
