在夺去约 2500 万人生命的黑死病几个世纪之前，一种被称为鼠疫的持续性病原体就已在欧洲和亚洲传播。一支科学家团队最近发现了距今 4000 年的鼠疫耶尔森氏菌（引起鼠疫的细菌）DNA。这比黑死病开始的时间早了约 3000 年。这些发现被详细记录在 5 月 30 日发表于《自然·通讯》杂志上的一项研究中，代表了迄今为止在英国发现的最早的鼠疫证据。
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该团队在英格兰西南部的萨默塞特附近的一个乱葬坑中发现的人类遗骸以及英格兰西北部坎布里亚的一个环形石堆纪念碑中，识别出两例鼠疫耶尔森氏菌（Y. pestis）感染。在从这两个地点采集的 34 名个体的骨骼样本后，他们筛查了牙齿中的鼠疫细菌。牙髓可以保存传染病的 DNA 残留物，并帮助科学家找到了鼠疫的证据。
在提取牙髓后，他们分析了里面的 DNA，并在两名死时估计年龄在 10 到 12 岁的儿童以及一名年龄在 35 到 45 岁之间的女性中，识别出三例鼠疫耶尔森氏菌感染。根据放射性碳测年，这些人很可能生活在大致相同的时间。
“能够从数千年前的降解样本中检测到古代病原体，这是不可思议的。这些基因组可以告知我们过去病原体的传播和进化变化，并有望帮助我们理解哪些基因可能在传染病的传播中很重要，”研究合著者、弗朗西斯·克里克研究所的博士生 Pooja Swali 在一份声明中表示。“我们看到，包括本研究中的基因组在内的这种鼠疫耶尔森氏菌谱系，随着时间的推移会丢失基因，这种模式也出现在同一病原体引起的后期流行病中。”
鼠疫已在欧亚大陆新石器时代晚期和青铜时代（LNBA）的 5000 至 2500 年前生存的多个个体中被发现。然而，在这一时期，英国尚未发现鼠疫的证据。这种 LNBA 菌株很可能在大约 4800 年前随着人类向欧亚大陆扩张而传入中欧和西欧，而这项研究表明它甚至进一步向西传播到了英国。LNBA 菌株广泛的地理分布表明它可以很容易地传播。
基因组测序发现，在这些地点发现的鼠疫耶尔森氏菌菌株与同期在欧亚大陆东部发现的菌株非常相似，而不是后期的疾病菌株。它缺乏yapC 和 ymt 基因，这两种基因在后期的鼠疫菌株中都有发现。ymt 基因也因在通过跳蚤传播鼠疫中发挥重要作用而闻名。与导致十四世纪黑死病的菌株等后期菌株不同，LNBA 菌株可能不是通过跳蚤传播的。
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该团队不完全确定这些古老墓地中的个体是否感染了完全相同的鼠疫菌株，因为引起疾病的病原体 DNA 在可能不完整或风化的样本中会迅速降解。
萨默塞特遗址也很罕见，因为它与其他同一时期的葬礼遗址不符。埋葬在那里的个体似乎死于外伤。该团队认为，这里的乱葬坑并非由鼠疫爆发引起，但所研究的个体在死亡时可能已被感染。
“我们了解许多历史性鼠疫爆发，例如黑死病，对人类社会和健康产生的巨大影响，但古代 DNA 可以记录更久远过去的传染病，”合著者、弗朗西斯·克里克研究所的遗传学家 Pontus Skoglund 在一份声明中表示。“未来的研究将进一步了解我们在过去是如何应对这些疾病的，以及与病原体本身的进化军备竞赛，这有助于我们理解疾病在现在或未来带来的影响。”
