1875年，业余考古学家卡尔·格奥尔格·冯·西弗斯在今拉脱维亚的萨拉查河沿岸进行了挖掘。他发现了两座坟墓：一座是一名12至18岁的女孩（被称为RV 1852），另一座是一名20至30岁的男子（RV 2039）。近150年后，对RV 2039的分析表明，他不仅已有5000多岁，而且感染了古老的鼠疫菌株——这是迄今已知的最古老的病例。
科学家们最初并没有期望在那里发现鼠疫的残留物。当他们对RV 2039的遗骸进行基因分析时，他们惊讶地发现了引起鼠疫的病原体——鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis）的基因组。检测到的菌株是迄今发现的最古老的——它在7000多年前就从其细菌祖先中分化出来。
它与近代流行病中的鼠疫耶尔森菌看起来也不同。对RV 2039古代遗骸中细菌的基因分析还显示，这种引起鼠疫的微生物缺少一个关键的遗传元件：一种让跳蚤充当传播鼠疫载体的基因，同时也是这种细菌能有效感染人类的基因。
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缺失的基因还负责我们与中世纪黑死病相关的那些臭名昭著的充满脓液的淋巴结肿（或肿胀的淋巴结，通常在腋下或腹股沟）。对RV 2039来说，幸运的是，他的感染可能没有那么痛苦，他也没有遭受中世纪受害者的命运。科学家们从遗骸中推断，他的感染可能比较轻微，但持续时间较长。不过，他很可能还是因为感染而死亡。这些发现已发表在Cell Reports杂志上。
RV 2039很可能不是通过跳蚤传播而感染鼠疫的，而是直接从较大的动物身上感染的。他是一名狩猎-捕鱼-采集者，很可能是通过被感染啮齿动物的咬伤而感染了细菌——尽管研究指出，他可能为了食物或个人装饰而捕杀了啮齿动物，从而感染了细菌。
幸运的是，对于他的同伴来说，由于鼠疫仍处于未进化的形态，细菌当时还不能轻易地在人与人之间传播。在RV 2039同一地区埋葬的人中，没有人在其遗骸中发现鼠疫耶尔森菌。
“令人惊讶的是，我们在这早期菌株中已经看到了或多或少完整的鼠疫耶尔森菌基因组，只有少数基因缺失，”首席作者、德国基尔大学aDNA实验室负责人本·克劳斯-乔拉在一份声明中说。“但即使是遗传设定的小小变化，也可能对毒力产生巨大影响。”
关于早期人类文明中鼠疫的先前理论认为，鼠疫耶尔森菌主要在黑海周边城市演化，那里人们生活密切。但RV 2039生活在5000年前，远在人类创造城市生活之前。这些发现表明，当时的鼠疫相对温和且不具传染性，这也与一些其他理论相矛盾，这些理论认为鼠疫导致了约六千年前新石器时代末期的群体死亡。
尽管如此，像这样的研究使科学家们更接近于理解黑死病是如何出现的，以及鼠疫是如何影响我们自身基因的。“不同的病原体和人类基因组一直以来都在共同演化，”克劳斯-乔拉说。“我们知道鼠疫耶尔森菌很可能在短时间内杀死了欧洲一半的人口，所以它应该对人类基因组产生重大影响。”
