医学的未来可能涉及音乐

将蛋白质转化为音乐作品,未来或许能助力疾病诊断。

三十年前,在美国加利福尼亚州霍普杜阿尔特,一位名叫 大野晋(Susumu Ohno) 的研究人员希望探索两种截然不同的现象之间一个引人入胜的联系。音乐和基因都具有 重复性。尽管选项数量不同——音乐有十二种,基因只有四种——但他相信两者可以被协调起来,使我们能够根据基因组创作音乐。

此后多年,几位研究人员着手将生物数据转化为乐谱,这被称为声音化。基因和 蛋白质 现已被转化为可听的乐段。演奏时,它们以独特的视角传达了构成生命基本分子的本质。

研究人员对基因和蛋白质数据进行声音化处理的努力 催生 了许多有趣,尽管可能有些不和谐的乐曲。不幸的是,最终结果的实用性有限。尽管能够听到数据,但尚未找到将这些信息用于医学的方法。声音化本质上已被视为一种消遣,而非有效的科学分支。

但对于美国和英国的两位研究人员来说,生物音乐的价值太大了,不能被搁置。他们希望更深入地进行科学与艺术的转化,寻找真正利用音乐治疗疾病的方法。在此过程中,他们两人 发表 了关于声音化的引人入胜的观点,也为疾病诊断等可能的医疗应用打开了大门。

对作者而言,声音化——数据到声音——的普遍用法过于基础,无法产生实际用途。真正的价值不在于单个音符,而在于旋律。这意味着要考察目标——在此案例中为蛋白质——不仅仅是一串独立的氨基酸,而是由折叠组成的整体。折叠包含了旋律,因此可以提供一种与众不同的可听见的乐曲。

他们进行了一项实验,测试了个人根据蛋白质结构变化听出旋律差异的能力。基于三种不同的声音化方法,开发了三种不同的乐曲。目标是确定旋律是否能提供更多信息,并可能识别出细微的变化。

第一种方法是将音乐音符直接分配给氨基酸。他们通过检查每种氨基酸与水相互作用的能力来做到这一点,这被称为 疏水性。为每种氨基酸计算出一个数值后,就可以分配音乐音符。由于音符数量与氨基酸数量不匹配,基于疏水性数值的相似性,出现了一些重复。

amino acid musical scale
来源:doi: 10.1016/j.heliyon.2016.e00175

此时,作者拥有了一个基于氨基酸形成某种蛋白质折叠能力而创建的音阶。疏水性最强的氨基酸聚集在一起形成低音,而疏水性最弱的音调则更高。总共分配了 17 个不同的音符,覆盖了两个半八度。

第二种方法涉及从折叠中发展旋律。为了实现这一点,根据每个折叠扩张或收缩的能力,为其分配了数值序列。然后使用这些数字来计算每个音符之间的距离。这反过来又允许氨基酸“音符”也拥有时值,例如四分音符或八分音符。

第三种方法是利用每个氨基酸在蛋白质结构中的深度。在这种情况下,没有为每个氨基酸分配音符。每个氨基酸在音阶上的位置仅取决于其在蛋白质中的位置。如果它位于结构深处,音调会较低。如果它更靠近表面,声音会更高。此外,没有与音符相关联的时值。

有了这三种不同的方法,两人请 38 名受试者聆听乐曲,并判断他们是否能区分乐段与蛋白质的视觉表示之间的相似性。志愿者有四种选择,从“相似”到“不相似”。希望至少有一种,甚至所有三种方法都能获得普遍积极的结果。

当结果出来时,三种方法都显示出希望。至少有四分之三的人能够找到相似之处,无论采用哪种技术。然而,正如预期的那样,使用旋律的方法成功率最高。至少在这个实验中,使用折叠所付出的额外努力是值得的。

对作者而言,这一发现揭示了通过整合折叠,蛋白质结构的复杂性如何能够有效地转化为音乐。这也允许在聆听过程中加入蛋白质功能,因为折叠使蛋白质能够服务于特定目的。也许更重要的是,任何折叠的变化——以及可能的官能团变化——都会导致旋律的变化,而这种变化很容易被耳朵捕捉到。

在药物应用方面,使用音乐而非分子或许能为诊断提供一种工具。快速的蛋白质序列方法可以包括将其转化为音乐,并对序列和形状进行快速评估。此外,将分离的分子与对照进行比较,可能能够快速识别突变,例如在抗生素耐药性中看到的突变。这不可避免地可以缩短诊断与采取行动之间所需的时间,并通过改变治疗方案来改善患者的治疗效果。

 

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自青少年时期起,Jason Tetro就把实验室视为他的第二个家。他在微生物学和免疫学方面的经验使他涉足多个领域,包括血液传播、食品和水病原体;环境微生物学;消毒和防腐;以及SARS、禽流感和寨卡病毒等新兴病原体。他目前是圭尔夫大学的访问科学家。在公众中,Jason更广为人知的名字是“The Germ Guy”(细菌 guy),他经常在媒体上以其有时非传统的视角解读科学。Jason著有两本书:《The Germ Code》(2014年入围年度科学图书奖)和《The Germ Files》(曾连续几周登上全国畅销书榜)。他还合编了《The Human Microbiome Handbook》(人类微生物组手册),该书从学术角度探讨了微生物对人类健康的影响。他住在多伦多。

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